FRIQUEST

Patrick Favre, PhD - Biologiste Computationnel

Recherche Scientifique • Innovation • Créativité

Plateforme regroupant mes activités de recherche scientifique, développement de scripts, créations musicales et projets web innovants.

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Recherche Actuelle

Bioinformatique: analyse des communautés bactériennes

2025 - En cours

Combiner l'analyse des données métagénomiques du génome complet avec l'analyse des réseaux pour mettre en évidence les communautés bactériennes clés et les voies biochimiques dans les interactions entre les plantes et le microbiome. L'accent est particulièrement mis sur Xylella fastidiosa, une bactérie pathogène qui affecte de nombreuses espèces végétales, notamment la vigne, l'olivier, les arbres fruitiers, les agrumes, le caféier, le chêne et la luzerne.

Analyse de Données Scientifiques

2025 - En cours

Développement d'outils statistiques avancés pour l'interprétation de grandes bases de données scientifiques. Application en bioinformatique et analyse de séries temporelles.

Principales Recherches Scientifiques

Modélisation de la Croissance Tissulaire

2024 - Frontiers in Plant Science

Régulation de la croissance tissulaire chez les plantes – Étude de modélisation mathématique sur la réponse d'évitement de l'ombre chez les hypocotyles d'Arabidopsis.

Interface Web

2020 - TASer Unifr | Institut suisse de bioinformatique

Un outil web permettant de localiser les toxines et les antitoxines dans un génome bactérien à l'aide d'un cluster de calcul haute performance.

- Developper & WebCreator -

Modélisation mathématique

2015 - PLOS One

Modélisation mathématique de la dynamique des interactions entre les feuilles et les racines et du partage des ressources dans la croissance des plantes.

Modélisation Stochastique

2015 - Food Quality and Preference

Évaluation de l'aspect visuel de rosiers virtuels en rotation à l'aide d'une tâche de tri étiquetée.

Biologie Computationnelle

2014 - BMC Plant Biology

Une nouvelle plateforme bioinformatique pour découvrir les gènes liés à la symbiose mycorhizienne arbusculaire en se basant sur leur modèle de conservation évolutive parmi les plantes supérieures.

Électrophysiologie Végétale

2007 - Physiologia Plantarumy

Potentiels d'action dépendants du voltage chez Arabidopsis thaliana.

Scripts & Outils Développés

logistic_map_dynamics.jl

Julia - Représentation de la suite logistique

Compilé avec Julia visualisation graphique.
Visualisations
Représentation graphiques de la suite logistique généré par le script
Comprendre la suite logistique en vidéo.

© P. Favre - free use -

gridX.m

Matlab/Octave - Simulation d'interaction bactérienne

Simulation de dynamique de croissance entre deux à plusieurs populations bactériennes. Interface graphique
Interface graphique
Évolution en temps réel des populations bactériennes suivant le type d'interaction (Neutralisme/mutualisme/parsitisme/) et de la quantité de nourriture dans l'environement
 de la dynamique des populations bactériennes en temps réel.

© P. Favre - free use -

MOESM3_ESM.zip

Python/Bash - Pipeline bioinformatique pour découvrir des gènes liés à la symbiose mycorhizienne arbusculaire (AM).

Procédures, scripts et fichier Cytoscape. Stratégie utilisée
Interface graphique
Stratégie utilisée pour identifier les gènes liés à l'AM sur la base de la conservation des séquences. L'organigramme reflète l'identification progressive des protéines potentiellement liées à l'AM sur la base de leur profil de conservation des séquences au niveau protéique, de leur profil d'expression génique et des éléments régulateurs prédits dans leurs promoteurs.
 pour identifier les gènes liés à l'AM sur la base de la conservation des séquences.

Développeur P. Favre - article -

Hypo_model.zip

Matlab - Simulation des variations de la concentration en auxine et de la croissance cellulaire dans un hypocotyle poussant sous une lumière blanche faible continue pendant 4 jours, suivis de 2 jours d'ombrage simulé avec un faible rapport R/FR :

Code mathématique et divers fichiers associés: Modèle mathématique
schéma
Distribution simulée de l'auxine et schéma de croissance cellulaire dans un hypocotyle de type sauvage soumis à un SAS. Des images fixes du film S1 ont été extraites au début de la période de croissance [(A) ; t=0], après une croissance dans des conditions R/FR élevées pendant 3 heures (B) et 4 jours (C), et après deux jours supplémentaires d'ombrage simulé [(D) ; conditions R/FR faibles].
 du transport de l'auxine basé sur les transporteurs polaires et non polaires connus (ABCB1, ABCB19 et PIN) et sur les facteurs qui contrôlent l'homéostasie de l'auxine dans l'hypocotyle.

Développeur P. Favre - article -

Activités Musicales & Web

Fleur Bleue & The Pocket Troubadours

2025 - Présent

Bassiste du groupe Fleur Bleue & The Pocket Troubadours. Compositions originales Pop/Funky/Jazz.

- & WebMaster -

Fri-Gospel Singers

2023 - Présent

Choriste dans le choeur de Gospel de Fribourg dirigé par Bonny B.

- & WebMaster -

Fleur Bleue - Jazz Fribourg

2020 - 2025

Contrebassiste du groupe Fleur Bleue. Reprise de standard du Jazz.

- & WebMaster -

Koumassi Blue Orchestra (KBO) - UNIFR -

2009 - 2019

Contrebassiste du groupe de Jazz KBO de l'Université de Fribourg.

Los Luceros

2002 - 2005

Bassiste du groupe genevois Los Luceros. Reprise de musique Andine contemporaine. Plusieurs concert en Suisse et en Bolivie.

Gringo Bandolero

2021

Webmaster du site web Gringo Bandolero. Gilbert Favre était un musicien queniste de renom en Bolivie et en Suisse/France. Il a marqué toute une génération et influence encore son style aux nouvelles générations.

Indiana - artiste peintre

2021 - 2024

Webmaster du site web Indiana Favre Reque Teran. Indiana était une artiste peintre accomplie. De l'art naïf à l'art primitif moderne, Indiana a exposé ses oeuvres dans le monde entier.

Contact & Collaborations

Intéressé par une collaboration scientifique, un projet de développement ou simplement échanger sur nos domaines de recherche ? N'hésitez pas à me contacter.

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